Tornando a parlare delle Catacombe di Santa Domitilla, nel III secolo fu costruita in mattoni, a destra dell’antico ingresso, una sala composta di due vani rettangolari, congiunti ad angolo retto. La sala era aperta verso una piccola piazza avanti all’ingresso e la volta che la copriva era sostenuta da pilastri, mentre dall’altro lato grossi muri chiudevano l’ambiente e sostenevano la volta. Lungo i muri interni corre ancora oggi un banco in muratura di mattoni, rivestito di stucco. La sala era dunque destinata per le adunanze in onore della memoria dei fedeli defunti seppelliti nel cimitero. Dall’altra parte dell’antico ingresso, si trovano un pozzo e, accanto, un serbatoio per l’acqua tratta dal pozzo.
Le prime tombe cristiane in questa contrada furono dunque fatte alla fine del primo o nei primi anni del II secolo. Come già fu detto una larga galleria sotterranea che va dolcemente discendendo, forma la parte più antica, la quale ha come ingresso il portale costruito con laterizio bellamente levigato di cui già abbiamo fatto cenno. È la regione detta dei Flavi, che nasce come come ipogeo privato di una famiglia pagana per poi accogliere, durante il III secolo, sepolture cristiane decorate con scene tratte dalle Sacre Scritture: questo, scavato nella collina, è composto da un’ampia galleria, caratterizzata da una ricca decorazione, costituita da tralci di vite e paesaggi contornati da linee in cui giocano piccolo geni, su cui si aprono lateralmente quattro nicchioni, ove erano posti i sarcofagi dei membri più importanti della famiglia; in fondo vi era la zona per le sepolture dei servi e dei liberti.
Nei pressi si trova un piccolo cubicolo dipinto, datato alla fine del III secolo d.C., nel quale, tra ghirlande, cesti di fiori e uccelli è raffigurato il mito di Amore e Psiche, con i due protagonisti sono rappresentati come putti che raccolgono fiori.A questa si affianca, a testimoniare come nella stessa famiglia convivessero più religioni, dipinti di tema cristiano, ispirati all’Antico Testamento come il profeta Daniele, in attitudine di preghiera, fra i due leoni o Noè nell’arca.
Altro interessante ipogeo è quello di Ampliatus che sorge ai piedi di una grande scala e comprendeva, in origine, solo due cubicoli. Quello di destra appartiene a un Ampliato e alla moglie Aurelia Bonifatia (come risulta da iscrizioni), membri di una famiglia di liberti imperiali. Anche in questo caso si tratta probabilmente di un ipogeo romano, inserito nel complesso catacombale solo nella seconda metà del III secolo.
Ad una certa distanza da queste cripte antichissime, si trova la rtegione del Buon Pastore. Vi si accede da una grande scalinata, che immette in una lunga galleria: questa costituisce il primo nucleo della regione, come gli altri di origine privata. Sulla galleria si aprono cubicoli abbastanza grandi e ricchi (alcuni originariamente rivestiti in marmo) e gallerie trasversali. Una seconda rampa, più stretta, porta al secondo livello dell’ipogeo, formato da una galleria molto larga, priva di sepolture, conclusa da un ambiente su cui si apre il cubicolo decorato con un affresco posto al centro della volta, che raffigura il Buon Pastore e da il nome alla regione. Anche questo nucleo era di carattere privato e fu unificato agli altri nel IV secolo.
Una regione speciale del cimitero sotterraneo era riservata ad una associazione di impiegati e di operai che lavoravano nell’amministrazione dell’annona, che provvedeva a Roma il grano necessario per fornire il pane alla popolazione. Alcune pitture nelle pareti di questa regione si riferiscono all’attività di tali impiegati, altre hanno un contenuto religioso cristiano. In un arcosolio è dipinto il Buon Pastore col suo gregge e, tra le pecore a destra e a sinistra del Pastore, vi sono anche un uomo e una donna nell’attitudine della preghiera: i defunti seppelliti nell’arcosolio, rappresentati come pecorelle del gregge di Cristo nel Paradiso
Al IV secolo, appartengono due cubicoli, decorate con dipinti che avranno un successo clamoroso nell’arte successivo: il primo è Davide con la fionda, il secondo la traditio legis, la raffigurazione di Cristo tra san Paolo e san Pietro, a cui porge un rotolo, con l’eventuale presenza di altri apostoli. Tale raffigurazione, presente soprattutto nell’area di influenza romana, rappresenta la trasmissione del messaggio evangelico agli apostoli ed in particolare a Pietro, fondamento dell’autorità papale. La traditio legis aveva quindi un contenuto anche ideologico e campeggiava infatti nel catino absidale dell’antica basilica di San Pietro.
Dall’attuale ingresso della catacomba si accede alla basilica, dedicata ai Santi Nereo e Achilleo, che si i presenta con una maestosa aula absidata, preceduta da un nartece e suddivisa in tre navate da quattro colonne per lato, con capitelli di recupero. Una basilica nata semi-ipogea, nel luogo di sepoltura dei martiri, ma che prende luce in alto da ampi finestroni affacciati sull’esterno.
Nella zona dell’abside sono stati scoperti i resti del ciborio, edificato sopra la tomba dei martiri e costituito da resti di due colonnine; in particolare, quella dedicata ad Acilleus (così la scritta dedicatoria) riporta ancora integra la scena del martirio, scolpita nel marmo, che ritrae un personaggio vestito con abiti militari che sta per decapitare un altro personaggio vestito con una lunga tunica; sullo sfondo si vede una corona d’alloro, simbolo del martirio.
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